Икари Синдзи приезжает в Токио-3 к отцу, отправившего его подальше после смерти матери. Подавленный юноша не ожидает от их встречи многого, но надеется наладить с ним общение. Но Токио-3 больше похож на гигантский бункер или военную базу, чем на мирную столицу, а вместо отца его встречает майор Кацуруги, оказавшаяся оптимистичной зрелой девушкой. Она отвозит его в штаб-квартиру организации NERV, где Икари Гэндо, отец Синдзи, работает на благо человечества. Но вместо долгожданного возвращения оказывается, что все, для чего ему понадобился сын - это для сражения с чудовищными Ангелами внутри гигантского человекообразного робота. Груз ответственности за весь мир ложится на плечи Синдзи, и поддержки…

Согласно древней легенде, в незапамятные времена тэннё (небесная дева) по имени Церера спустилась на землю, чтобы искупаться в реке. Однако вернуться на небеса ей не удалось - рыбак из соседней деревни похитил беспечно оставленное висеть на дереве великолепное оперение девушки, и обнажённой красавице, лишившейся возможности улететь назад, пришлось выйти замуж за простого смертного. Потомки этого союза, в чьих жилах текла и человеческая кровь, и кровь тэннё, положили начало многочисленному клану Микагэ. Прошли века, но гнев и стремление к мести праматери Цереры продолжали подспудно сидеть в некоторых представительницах клана. Именно таковой и является юная Ая Микагэ, обладающая мощными способностями…